課税対象は所得だから、所得＝売却価格－購入価格で④の時期でいいと思いますけど
日本円にちょこちょこと換金している人は、基本的に年ごとの利益（所得）が課税対象となると思う
税制がはっきりきまってない（譲渡所得というところもあるけど、雑所得という人もいる）から、不明な場合は税務署に相談されるのが一番でしょう

これって、『①~③は2016年中に実行済みだけど④は年跨ぎで未実行だから、④を実行した年に確定申告すりゃいいよね？』　
って話だと思うんですが、税務署に訊けば『違う』って言われると思いますよ。

JPY->BTC->ALT->BTC->ALT これは普通にFXで置き換えてみれば
JPY->USD->EUR->USD->JPY と同様なので

②の時点でBTCを決済してるから、その日のBTCJPYレートを参照して損益を出す。
③の時点でALTを決済してるから、その日のALTJPYレートと②時点でのALTJPYレートを参照して損益を出す。
④の時点でBTCを決済してるから、その日のBTCJPYレートと③時点でのBTCJPYレートを参照して損益を出す。

①~③が2016年で、④が2017年以降だとしても、②③のトレードについては『決済』が実行されているのだから、その損益についてはJPY換算して、2016年分の所得として確定申告が必要になる・・・って言われると思いますよ。

税率はFXとは違います。基本的には総合課税の雑所得(帳簿とか証拠書類不要・20万円超えればその金額だけ課税所得になる)だけども、書類をガッチリ揃えて譲渡所得(所得控除50万つく)であるとゴリ押しできる可能性はあると思います。